Фамилия Гнатуш — один из примеров того, как просторечная форма крестильного имени дала жизнь целому ряду родственных фамилий. В её основе лежит имя Гнат — украинский и белорусский вариант канонического церковного имени Игнатий. Само имя Игнатий восходит к латинскому ignis («огонь»), отсюда и значение «огненный», хотя встречается и перевод «неведомый». Имя было распространено на всех славянских территориях, но именно в западнорусских землях, в среде украинского и белорусского крестьянства, форма Гнат стала настолько привычной, что от неё начали образовывать фамилии с помощью характерных суффиксов.

Суффикс -уш в фамилии Гнатуш выполняет ту же роль, что и более привычный русскому уху -ов или -ин: он указывает на принадлежность. В украинской ономастике суффикс -ук/-юк означает «потомок», а -уш — «маленький, младший» или же просто смягчает, «домашнизирует» имя. Таким образом, Гнатуш — это буквально «маленький Гнат» или, что вероятнее, «сын Гната», «Гнатов наследник». Такая модель типична для западных регионов Украины: в частности, фамилии на -уш (Тарануш, Иванюш, Гнатуш) часто встречаются в Галичине, на Волыни и в Подолье.

Альтернативная версия, связывающая фамилию с глаголом «гнати» (гнать), менее убедительна с точки зрения словообразования. Глагольные прозвища обычно оформляются иначе: Гонило, Гнаток, Гнатов — но не Гнатуш. Однако полностью отрицать эту возможность нельзя: в живой речи «гнатуш» могло быть шутливым прозвищем извозчика, ямщика или просто очень быстрого, торопливого человека. Но в основе всё же лежит имя, а не ремесло.

Фамилия Гнатуш не относится к числу древних аристократических. Она возникла в среде простого сельского населения, когда у крестьян и мещан появилась необходимость в наследственных фамилиях — в основном после отмены крепостного права в XIX веке. Носители фамилии — потомки человека, которого в быту звали Гнатуш, то есть младшего Гната или сына Гната.