Фамилия Годнинов образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ов, который присоединяли к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Основа здесь — Годнин, а она, в свою очередь, восходит к имени или прозвищу Годня. Это краткая форма от крестильного имени Год, которое встречается в святцах как Год (от древнееврейского «счастье, удача»). В русской народной среде имя Год было редким, но давалось по церковному календарю, а от него образовывали уменьшительные варианты: Годня, Годка, Годя.

Однако есть и более бытовая версия, которую поддерживает ряд ономастов. Прозвище Годня могло возникнуть от глагола «годить» — ждать, медлить, выжидать. В северных и сибирских говорах «годня» называли человека неторопливого, основательного, который не спешит с решением. В таком случае фамилия Годнинов — это отчество от прозвища: «чей? — Годнин сын», то есть потомок Годни.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и встречается локально, в основном в центральных и северных областях России. В отличие от массовых фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь мы видим редкий случай, когда суффикс -ов присоединён к основе на -ин, что создаёт двойное указание на принадлежность: Годня → Годнин → Годнинов. Такая словообразовательная цепочка нехарактерна для стандартной русской модели и может говорить о том, что фамилия закрепилась в письменных документах уже в готовом виде, без переосмысления.

Единичные носители фамилии Годнинов встречаются в архивных записях XIX века среди крестьян Вятской губернии. Сословно это однозначно крестьянская или мещанская фамилия — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.