Фамилия Годня — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на краткое прилагательное или прозвище, но на самом деле это типичная «малая» форма, образованная через суффикс -н- от более длинного имени.

Скорее всего, в основе лежит каноническое имя Год, которое в старину существовало как самостоятельное или как сокращение от Годослав, Годимир. Имя Год известно по древнерусским памятникам: оно происходит от общеславянского *godъ — «год, время, пора», а также «благоприятный срок, угода». Человек по имени Год мог быть желанным, «удачным» ребёнком, родившимся в нужное время. Суффикс -н- в фамилии Годня — это не патронимический (как -ов/-ев), а прозвищный или уменьшительный: так образовывали краткие обиходные формы имён (ср. Рад — Радня, Мил — Милня). То есть Годня — это «маленький Год» или просто прозвище по имени.

Есть и более прозаичная версия: Годня могло быть прозвищем человека, который «годил» — то есть ждал, медлил, выжидал удобного случая. В диалектах «годить» означало «медлить, ждать». Такое прозвище могли дать неторопливому, осмотрительному человеку. Версия правдоподобна, но уступает первой по частоте: фамилии от личных имён встречаются намного чаще, чем от глагольных прозвищ.

Географически фамилия встречается редко и в основном в западных и центральных областях России, а также на Украине. Это говорит о том, что она не получила широкого распространения и могла закрепиться локально, в одной-двух волостях. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков носители фамилии Годня могли быть крестьянами или посадскими людьми — сословной привязки у неё нет.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком: она не вписалась в массовую модель на -ов/-ев, а сохранила архаичную форму прозвища в именительном падеже. Сравните с однокоренными фамилиями: Годов, Годин, Годовиков — все они «одеты» в стандартные суффиксы. Годня же осталась «голой», без фамильного суффикса, что для русской фамилии редкость и указывает на её раннее закрепление в документах.

Итог: фамилия Годня происходит от древнерусского имени Год (через уменьшительную форму Годня) или, реже, от прозвища «годя» — медлительный. Это редкий пример «нестандартной» русской фамилии, сохранившей форму прямого прозвища без патронимического суффикса.