Фамилия Годуненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, буквально означает «маленький» или «сын». Таким образом, Годуненко — это «сын (или потомок) Годуна». Вся смысловая нагрузка ложится на личное прозвище или некалендарное имя Годун, которое и стало основой фамилии.

Корень «год-» здесь не имеет отношения к слову «год» в значении «время». Скорее всего, прозвище Годун связано с глаголом «годити» в его старом значении — «угождать, быть пригодным, подходить». В украинском языке слово «гідний» означает «достойный». Следовательно, Годуном могли называть человека угодного, подходящего для какого-то дела, либо того, кто старался всем услужить. Есть и другая, менее распространённая версия: связь с диалектным «годовать» — «выкармливать, растить», тогда прозвище мог получить заботливый кормилец или опекун.

Если смотреть на географию, фамилия Годуненко наиболее плотно представлена на Левобережной Украине, в частности в Черниговской, Полтавской и Сумской областях. Это зона классического распространения фамилий на -енко, которые здесь вытеснили великорусские формы на -ов. Интересно, что в России фамилия встречается реже и часто воспринимается как однокоренная с известной боярской фамилией Годуновых, что неверно: Годуновы (от Годун) и Годуненко (от Годун) — это параллельные образования в разных языковых традициях, восточнославянской и украинской.

Социальный состав носителей фамилии был преимущественно крестьянским и казацким. В реестрах Войска Запорожского XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания казаков с таким прозвищем, что неудивительно: прозвище Годун было распространённым среди простых людей, а не только в боярской среде. Фамилия не указывает на знатное происхождение, а говорит о конкретном предке, которого в округе знали как Годуна — возможно, услужливого, расторопного или зажиточного хозяина.