Фамилия Годунин — это типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. В её основе лежит слово «годун» с двойным смыслом. В ярославских говорах годун — это воспитанник или приёмыш, то есть ребёнок, взятый на воспитание. А вот на Украине и в Белоруссии то же слово означало воспитателя, опекуна — то есть человека, который сам воспитывает или заботится. Получается, что прозвище Годуня могло относиться и к тому, кого воспитывали, и к тому, кто воспитывал, — смысл менялся в зависимости от региона.

Есть и вторая версия, более прозрачная: от глагола «годить», то есть ждать или мешкать. В этом случае Годуней дразнили человека медлительного, нерасторопного. Оба толкования имеют право на жизнь, и без точных сведений о месте происхождения конкретной семьи выбрать одно из них сложно.

Сама модель фамилии — на -ин — указывает на принадлежность: Годунин значит «сын Годуни» или «из семьи Годуни». Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основам на -а/-я, что как раз и подтверждает прозвищное происхождение.

Примечательно, что основа «годун» встречается в русской истории довольно рано. Ономаст С. Б. Веселовский в своих работах упоминает Ивана Ивановича Годуна Зернова, жившего в конце XIV века. Он считается родоначальником знаменитого рода Годуновых. Фамилия Годунин, очевидно, стоит в том же словообразовательном гнезде, но образована от более простой, уменьшительной формы прозвища — Годуня. Это значит, что Годунины не обязательно родственники царского рода, но их прозвище — из того же древнего пласта народной речи.

Точное время и место возникновения фамилии Годунин сейчас установить невозможно: фамилии на Руси складывались веками, и у разных ветвей одного прозвища этот процесс мог идти независимо. Однако ясно, что перед нами не случайное сочетание звуков, а живой след народной лексики, сохранивший в себе и местные диалекты, и социальные роли, и даже черты характера предков.