Фамилия Годунин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Годуня восходит к слову «годун». В ярославских говорах так называли воспитанника, приемыша, а на Украине и в Белоруссии – воспитателя, опекуна. Не исключено, что в основе данного прозвища лежит глагол «годить», т.е. В таком случае Годуней могли называть медлительного, нерасторопного человека. Прозвища и фамилии с основой «годун» довольно древние. Веселовского упоминается Иван Иванович Годун Зернов, конец XIV в., ставший родоначальником Годуновых. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Годуня, со временем получил фамилию Годунин. О точном месте и времени возникновения фамилии Годунин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Годунин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.