Фамилия Годунина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Годунин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — «Годунин» значит «сын Годуни» или «человек из рода Годуни». Поэтому ключ к происхождению — прозвище или имя Годуня.

Самая вероятная версия связывает Годуню с древнерусским глаголом «годути» или «гадати» — говорить, толковать, ворожить. В северных и центральных говорах «годуном» называли колдуна, знахаря или просто болтуна, пустомелю. Соответственно, Годуня — человек, который заговаривает, предсказывает или много говорит. Такое прозвище могли дать как уважаемому ведуну, так и надоедливому рассказчику. Слово «годовать» в значении «угадывать» тоже вписывается в эту картину.

Менее распространённая, но имеющая право на существование версия — связь с личным именем Годун, которое могло быть производным от канонического имени Гавриил или от славянского имени Годослав (с корнем «год» — время, срок). Однако в документах XVI–XVII веков, например в актах по Новгороду и Вологде, фамилия Годунин встречается именно в контексте прозвищ, а не крестильных имён.

Интересно, что фамилия Годунина территориально привязана к северу России: Вологодская, Архангельская, Костромская губернии. Это регионы, где сохранялась архаичная лексика и сильны были языческие отголоски в быту. В этих же краях бытуют родственные фамилии Годунов, Гадалов, Годовиков — все они крутятся вокруг темы говорения, ворожбы или времени.

Суффикс -ин в фамилии Годунина указывает на то, что предок носителя фамилии — женщина по отчеству или по мужу — был человеком незнатного происхождения. В дворянской среде преобладали фамилии на -ов/-ев и -ский, а -ин чаще закреплялся за крестьянами, посадскими людьми и духовенством. Так что носители фамилии Годунина, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды Русского Севера.

Если коротко: фамилия Годунина означает «принадлежащая потомку Годуни», а сам Годуня — это прозвище знахаря, колдуна или просто болтуна. Предки могли быть деревенскими лекарями, сказителями или людьми, чья речь привлекала внимание окружающих.