Фамилия Годунова — женская форма распространенной русской фамилии Годунов. В её основе лежит прозвище Годун, которое могло возникнуть из разных источников.

В ярославских говорах Годуном называли воспитанника или приёмыша. Такое прозвище мог получить ребёнок, взятый в чужую семью на воспитание. На Украине и в Белоруссии, наоборот, Годуном звали воспитателя или опекуна. Получается, что одна и та же основа могла обозначать как принимающего, так и принимаемого — всё зависело от местной традиции.

Есть и другая версия: прозвище могли образовать от глагола «годить» (ждать, медлить). В этом случае Годуном называли нерасторопного, медлительного человека. Оба объяснения имеют право на существование.

Историк С. Б. Веселовский в своих работах упоминает Ивана Ивановича Годуна Зернова, жившего в конце XIV века. Именно он считается родоначальником знаменитого рода Годуновых, к которому принадлежал царь Борис Годунов. Таким образом, фамилия имеет древнюю историю, уходящую корнями в средневековую Русь.

Фамилия образована по стандартной модели: к прозвищу Годун добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей потомок?» — Годунова). Поэтому, если вы носите фамилию Годунова, ваши предки по мужской линии были прямыми потомками человека по прозвищу Годун.