Фамилия Годуновский — классический пример русской фамилии, образованной по модели «основа + суффикс -ск-». Этот суффикс, один из самых распространённых в восточнославянской ономастике, чаще всего указывал на принадлежность к географическому объекту: селу, усадьбе или местности. Соответственно, предок носителя такой фамилии был либо выходцем из некоего места Годуново, либо владел им, либо служил там.

Ключевой вопрос — что стоит в основе топонима Годуново. Здесь возможны два варианта, и оба ведут к древнерусскому нецерковному имени или прозвищу Годун. Первое и самое прямое объяснение: Годун — человек, которого «годят», то есть ждут, или тот, кто сам медлит, выжидает. Второе, не менее вероятное: прозвище Годун давали опекуну, воспитателю (от глагола «годовать» — заботиться, воспитывать, выхаживать). В этом смысле «годун» — почти синоним «дядьки» или «кормильца». Именно такое значение слова фиксируют исторические источники, и оно же лежит в основе знаменитой фамилии Годунов.

Связь с царским родом Годуновых у фамилии Годуновский не прямая, а топонимическая. Скорее всего, село или деревня Годуново, давшая фамилию, могла принадлежать кому-то из этой боярской семьи или быть названа в честь одноимённого прозвища. В любом случае, ономастическая модель прозрачна: владельческое село Годуново → крестьяне или служилые люди Годуновские. Фамилия встречается в разных регионах, но заметный след оставила на юге России и в Сибири, куда переселенцы приносили свои прозвания.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «географических» фамилий, как Орловский, Троицкий или Рождественский, но с той разницей, что её основа — не церковный праздник и не птица, а личное прозвище с бытовым, житейским смыслом. Это делает Годуновского не просто «человеком из Годунова», а носителем памяти о том, что где-то когда-то жил человек, которого называли Годун — за воспитание, за выжидание или за заботу.