Фамилия Годунко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Ее выдает суффикс -енко, который в украинской традиции означает «сын» или «потомок». Однако в данном случае мы видим не -енко, а -унко. Это более редкий вариант, характерный для говоров западной и центральной Украины, где -унко могло выполнять ту же патронимическую функцию или указывать на принадлежность к роду. Таким образом, Годунко — это «сын Годуна» или «человек из рода Годуна».

Основа фамилии — прозвище Годун. Его происхождение неочевидно и вызывает споры. Самая вероятная версия связывает его с глаголом «годовать» в значении «выжидать, выхаживать, воспитывать». В диалектах «годун» — это тот, кто кого-то вынянчил, выкормил, или просто терпеливый, выдержанный человек. В украинском языке есть слово «годувати» — кормить, так что прозвище могло относиться к кормильцу, опекуну. Менее убедительна версия о связи с древнерусским именем Годун (от «годити» — угождать, быть пригодным), но она не находит прямой поддержки в документах.

Встречается фамилия преимущественно на Украине и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или казацкой среды, где прозвища были распространены. Сословной элиты среди Годунко не было, так что это фамилия простого человека, которого в быту называли за его заботу или выдержку.

Не стоит путать ее с фамилией Годунов, которая имеет русскую модель с суффиксом -ов и исторически связана с боярским родом. Годунко — это совсем другая, более поздняя и местная история, без связи с царскими временами. Она говорит о том, что предок был человеком с характером или занятием, которое дало ему прозвище, закрепившееся в роду.