Фамилия Годунок — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с темпом жизни или характером. Чтобы понять её корень, достаточно вспомнить глагол «годовать» в значении «жить, проводить время» или «выжидать целый год». В старых говорах «годун» — это либо тот, кто долго тянет, медлит, либо, наоборот, крепкий, выносливый человек, который «год» за годом держится на ногах. Суффикс -ок придаёт слову уменьшительный или ласкательный оттенок, так что Годунок — это буквально «маленький годун»: младший член семьи, которого дразнили за неторопливость, или же ребёнок, родившийся после долгого ожидания.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «год-» + суффикс «-ун» (как в «бегун», «говорун») + уменьшительный «-ок». Фамилия образована напрямую от прозвища без дополнительного патронимического суффикса, что указывает на её раннее происхождение — такие фамилии часто встречались в среде крестьян и посадских людей, где прозвище закреплялось за родом без изменений. Интересно, что в русской ономастике есть более известная фамилия Годунов, и она того же корня: «Годун» — это тот же «годовалый» или «медлительный», а Годунок — его уменьшительная параллель. В словаре Веселовского «Ономастикон» упоминается прозвище Годун, бытовавшее в XV–XVI веках на новгородских землях, и Годунок, скорее всего, возник в тех же краях — на северо-западе Руси, где такие прозвища были особенно живучи.

Географически фамилия Годунок — редкость, её не встретишь в массовых списках. Это не дворянская фамилия и не купеческая: предки носителя были, вероятно, крестьянами или ремесленниками, которым дали прозвище за медлительность или, что более правдоподобно, за выносливость — «годуном» могли назвать человека, который «пережил» трудный год, не сломавшись. Вторая, менее очевидная версия связывает корень с диалектным «годовать» в значении «кормить, выхаживать» — тогда Годунок мог быть «выхоженным», долгожданным ребёнком. Но это предположение слабее: для такого значения чаще использовали бы суффикс -ыш (Годыш) или -енец.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Годунок стоит особняком. Годунов — массовая фамилия, известная благодаря царской династии, а Годунок — её локальный вариант, который не попал в историю, но сохранился в глубинке. Носитель этой фамилии может смело считать, что его предки были людьми основательными, несуетливыми — или просто долгожданными в своей семье.