Фамилия Гокинаев — один из тех случаев, когда внешне «русский» суффикс -ев скрывает нерусскую основу. Сразу бросается в глаза, что фамилия образована по модели, типичной для народов Кавказа: к осетинской или тюркской основе добавили русский патронимический суффикс, который закрепился в документах при записи фамилий в XIX–XX веках. То есть перед нами не исконно русская, а русифицированная фамилия, что часто встречается у осетин, ингушей, чеченцев и народов Дагестана.

Корень «Гокин» или «Гокина» почти наверняка восходит к личному имени или прозвищу. В осетинском языке есть имя Гокки (Гокко), а суффикс -ай/-айы часто образует притяжательные формы («принадлежащий Гокки»). Таким образом, Гокинаев могло означать «сын (потомок) Гокки». В тюркских языках (кумыкском, ногайском) схожая основа «гок» или «гёк» означает «небо», «синий», «зеленый» — прозвище могли дать человеку со светлыми глазами или по какой-то другой внешней примете. Вторая версия менее вероятна, потому что в тюркских фамилиях чаще встречается суффикс -ов, а не -ев, и звучание было бы ближе к Гёков.

Осетинские фамилии на -ев (Гокинаев, Дзугаев, Кокоев) — это не случайность. В XIX веке, при включении Осетии в состав Российской империи, осетинские родовые именования адаптировали под русскую модель: к осетинской основе добавляли -ов/-ев. Гокинаев, скорее всего, происходит из Дигорского ущелья или Северной Осетии, где такие формы особенно распространены. Сословно предки могли быть как свободными горцами-земледельцами, так и воинами-дружинниками, но точных сведений об аристократическом происхождении нет.

Что касается ударения, в русском языке оно чаще всего падает на третий слог — Гокинáев, хотя в осетинском произношении возможен вариант с ударением на первый слог. Встречаются ли фамилия за пределами Кавказа — да, из-за миграций XX века её носители живут в Москве, Ростовской области и Ставрополье, но массовой не стала.