Фамилия Голендухин образована от прозвища Голендуха, и её происхождение неоднозначно — лингвисты предлагают как минимум три версии, и ни одну из них нельзя отбросить сразу.

Самая экзотическая гипотеза выводит прозвище из украинского «голендерка» — так в некоторых говорах называли коров голландской породы. Если это так, то Голендухой могли прозвать владельца такой коровы или торговца крупным рогатым скотом. Версия правдоподобна ещё и потому, что суффикс -ух- в русских и украинских прозвищах часто указывал на характерный признак или предмет: ср. «толстуха», «крикуха». Здесь прозвище буквально означало «человек, имеющий отношение к голендерке».

Другое объяснение связывает основу с украинским «голiй» — «парикмахер». Это менее вероятно: слово узкопрофессиональное и редко становилось основой для прозвищ с суффиксом -ух-.

Третья версия отталкивается от слов «голь», «голынь» — бедность, нищета. В этом ряду стоят фамилии вроде Гольтяпин, Голяшкин: они указывали на неимущего человека. Однако для Голендухина такое объяснение слабее — суффикс -ух- редко присоединяли к абстрактным понятиям, чаще к конкретным предметам или живым существам.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: прозвище на -уха (Голендуха) + патронимический суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Выходит, что Голендухин — это буквально «сын Голендухи». Фамилия редкая, её географическое ядро, судя по доступным данным, — южнорусские и украинские регионы, что косвенно подтверждает связь с украинской лексикой.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя этой фамилии был скотоводом или торговцем, державшим коров голландской породы, а его прозвище закрепилось за потомками в форме Голендухины.