Фамилия Голковская образована по самой распространённой в славянском мире модели — от топонима с помощью суффикса -ск-. Такие фамилии обычно указывали на выходца из определённого места: Голково, Голков или Голковка. В России и Беларуси есть несколько деревень с названием Голково — в Псковской, Смоленской, Тверской областях, а также в Витебской области Беларуси. Носитель фамилии Голковский, а его потомки уже Голковские, могли быть либо помещиками, владевшими этим селом, либо крестьянами, переселившимися оттуда и получившими прозвание по месту прежнего жительства.

Женская форма Голковская — не самостоятельная фамилия, а вариант, который в русской традиции получали дочери и жёны носителя мужской формы Голковский. В польской и украинской традиции фамилии на -ский/-цкий могли не менять окончания по полу, но в русском языке XIX–XX веков закрепилось различение: Голковский — мужчина, Голковская — женщина.

Корень «голк» в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «голк» — это шум, гул, отзвук, молва. Прозвище Голк могли дать человеку шумному, громкоголосому, либо тому, кто любил распускать слухи. В украинском языке «голк» означает «толк», «смысл» — тогда прозвище могло относиться к человеку рассудительному. Но для фамилии Голковская топонимическое происхождение выглядит более вероятным: суффикс -ск- редко присоединяют к прозвищу напрямую, обычно это признак именно «географической» фамилии.

Интересная деталь: в польском языке слово «gółka» означает «лысина», а «gołka» — «голыш», «бедняк». Если фамилия имеет польские корни (а суффикс -ский в польской традиции тоже очень распространён), то исходное название Голково могло быть связано с лысой горой или бедным поселением. В любом случае, перед нами фамилия, которая чётко говорит о происхождении рода из конкретного места, а само это место, скорее всего, получило имя по одному из диалектных значений слова «голк».