Фамилия Голковский звучит как типичная «географическая» фамилия, образованная по польско-украинской модели с суффиксом -ский. Такие фамилии в XVII–XIX веках давали дворянам, получившим герб и поместье, или же просто указывали на место, откуда человек родом. Основа здесь — топоним Голково (или Голков). Деревни и хутора с таким названием встречаются в Беларуси (Минская область) и на западе России (Псковская, Смоленская области). Владелец или выходец из Голкова становился Голковским.

Вероятно, название села восходит к прозвищу или некалендарному имени Голок — от слова «голый» (в значении «бедный», «не имеющий ничего лишнего»). В древнерусских документах известны прозвища Голой, Голый, от которых пошли фамилии Голов, Голиков. Суффикс -к- в основе Голк- мог появиться как уменьшительная или пренебрежительная форма: Голок — «бедняк», «голыш». Таким образом, Голковский — это «тот, кто из поселения Голоковых людей».

С точки зрения сословной принадлежности, фамилия на -ский в Российской империи чаще всего сигнализировала о шляхетском или духовном происхождении. Однако в XIX веке такую фамилию могли получить и крестьяне, если их записывали по названию деревни при переписи. Встречается также вариант написания Гальковский — с «а» в первом слоге, что связано с аканьем в говорах. В польском языке фамилия могла звучать как Gołkowski, от местечка Gołków.

Если сравнивать с однокоренными, то Голковский стоит в ряду с Головиным, Голышевым, Голенищевым — все они отталкиваются от понятия «голый», но суффикс -ский придаёт фамилии более «официальный», книжный оттенок. В современных базах носители Голковских встречаются в Центральной России и на востоке Украины, что подтверждает миграцию из западных регионов.