Фамилия Голыничева — женская форма от Голыничев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Голынич. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс принадлежности -ев (указывающий на «чей?» — сын Голынича) и посмотреть на основу «Голын-». Она напрямую связана с прилагательным «голый» в его старом, более широком значении: не только «без одежды», но и «бедный», «неимущий», «лишённый растительности» (например, голынь — пустошь, голь — беднота).

В русской антропонимии XV–XVII веков были распространены прозвища с корнем «гол-»: Голяк, Голый, Голыш. Форма Голынич — редкий вариант, образованный с помощью суффикса -ич. Обычно такие отчества на -ич (Иванович, Петрович) в XIV–XVI веках давали людям более высокого социального статуса, но в северных и северо-восточных землях Руси (Новгород, Псков, Вятка) -ич могло закрепляться и за простыми крестьянами как фамильное прозвище. Таким образом, предок носительницы фамилии был, скорее всего, прозван Голыничем — «сыном Голыни» (человека из бедноты или с прозвищем Голыня). Встречается и диалектное слово «голынь» — «голь перекатная», «нищета», что только подтверждает версию о происхождении от социальной характеристики.

Интересно, что фамилия Голыничев и её женская форма нечасто встречаются за пределами центральных и северных областей России. В дореволюционных источниках она фиксируется в основном в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — там, где долго держался архаичный тип именования с суффиксом -ич. В отличие от массовых фамилий вроде Головиных или Голубевых, Голыничева сохранила более древнюю словообразовательную модель, что делает её своеобразным маркером севернорусского антропонимического ареала.