Фамилия Гончарский образована от прозвища Гончар, которое в основе своей указывает на род занятий: гончар — это мастер, изготавливающий посуду, игрушки и другие изделия из обожжённой глины. Прозвище было настолько распространённым, что со временем закрепилось как фамильное имя. Однако у этой фамилии есть особенность, которая отличает её от более частых Гончаровых или Гончаренко: суффикс -ский.

Модель на -ский в русских фамилиях — это, как правило, маркер либо польско-шляхетского происхождения, либо принадлежности к духовному сословию. В случае с Гончарским вторая версия выглядит правдоподобнее. В семинарской среде было принято давать будущим священникам «благозвучные» фамилии, образованные от названий профессий, городов или церковных терминов. Так сын гончара, поступая в духовное училище, мог получить фамилию Гончарский — вместо крестьянского Гончаров. Впрочем, не исключено, что фамилия могла возникнуть и в западнорусских землях, где суффикс -ский был распространён среди мелкой шляхты и мещан.

Слово «гончар» общеславянское, но в древности славяне могли вкладывать в него не только ремесленный, но и символический смысл: глина ассоциировалась с сотворением мира, а гончара — с творцом. Вряд ли это напрямую повлияло на фамилию, но такая образность могла придавать прозвищу дополнительный вес. В любом случае, фамилия Гончарский хранит прямую память о предке-ремесленнике, чьё дело было на виду у всей округи.