Фамилия Гондаренкова — женская форма фамилии Гондаренков, а та, в свою очередь, представляет собой отчество второго порядка: Гондаренков — это «сын Гондаренко» и «внук Гондаря». Такая модель образования (с прибавлением суффикса -енко, а затем -ов) типична для украинской и южнорусской ономастики. В основе фамилии лежит прозвище Гондарь, но вот его происхождение неоднозначно, и здесь есть как минимум две версии.

Первая версия связывает прозвище Гондарь с диалектным глаголом «гундярить» — «говорить в нос, гнусавить». Если это так, то основатель рода Гондаренковых мог получить прозвище за невнятную, гнусавую речь. Версия правдоподобна, поскольку прозвища по физическим особенностям и манере говорить — один из самых древних и распространённых пластов русских и украинских фамилий.

Вторая версия предполагает, что Гондарь — это фонетический вариант прозвища Гонтарь. Переход «т» в «д» в устной речи — явление частое, особенно в диалектах. Прозвище Гонтарь восходит к украинскому слову «гонтар» — «кровельщик». В этом случае предок носителя фамилии занимался покрытием крыш дранкой, гонтом. Эта версия тоже имеет право на существование, тем более что профессиональные прозвища давали не реже, чем прозвища по внешности.

Сам суффикс -енк(о) в фамилии Гондаренков указывает на украинские корни рода: на востоке Украины, в Слобожанщине, а также в южных регионах России такие фамилии особенно распространены. Таким образом, фамилия Гондаренкова — это не просто отпечаток прозвища, а целая цепочка: от конкретного человека (Гондаря) к его сыну (Гондаренко) и внуку (Гондаренков).