Фамилия Гондаренков — это отчество второго порядка, то есть «внук Гондаря». Она образована по украинской модели: сначала от прозвища Гондарь появилось отчество Гондаренко («сын Гондаря»), а затем от него — русская фамилия Гондаренков («сын Гондаренко»). Такая модель характерна для фамилий, которые формировались на стыке украинской и русской традиций: украинский суффикс -енко, обозначающий потомка, обрастал русским патронимическим -ов.

Значение прозвища Гондарь неоднозначно. Первая и наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «гундярить» — говорить в нос, гнусавить. В этом случае прозвище указывало на особенность речи основателя рода: он говорил невнятно, «в нос». Такие прозвища по физическим или речевым недостаткам были распространены в крестьянской среде, где человека могли прозвать по самой заметной черте.

Вторая версия — фамилия могла быть фонетическим вариантом от Гонтаренков. В украинском языке слово «гонтар» (или «гонтарь») означает кровельщика, мастера, который кроет крыши гонтом — деревянной черепицей. Переход «т» в «д» в разговорной речи («Гондарь» вместо «Гонтарь») возможен, но менее убедителен: если бы исходным было ремесло, мы бы чаще встречали фамилии Гонтаренко или Гонтарев. Гондаренков же явно тяготеет к диалектной основе, а не к профессиональной.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где диалектный глагол «гундярить» был в ходу. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род в конкретном селе или уезде дал начало всем носителям этой фамилии.