Фамилия Гордюнин образована от имени Гордюня — это народная, обиходная форма крестильного имени Гордий. Исходное имя пришло из греческого (Γορδίας) и связано с легендарным фригийским царём Гордием, тем самым, который завязал знаменитый узел. В русской традиции имя Гордий было редким, но давалось в семьях, чтивших память святого мученика Гордия Каппадокийского (IV век). На бытовом уровне имя быстро обросло уменьшительными вариантами: Гордя, Гордейка, Гордюня.

Суффикс -ин в фамилии Гордюнин указывает на модель «чей?», то есть «сын Гордюни». В отличие от фамилий на -ов, которые типичны для центральных и северных регионов России, фамилии на -ин чаще встречаются на юге и в Поволжье. Однако это не жёсткое правило: -ин мог закрепиться в любой местности, если основа оканчивалась на -а или -я. Гордюня — как раз такой случай.

Основа Гордюн- несёт в себе двойную смысловую нагрузку. С одной стороны, это производное от канонического имени, с другой — в просторечии слово «гордюн» (или «гордюня») могло означать гордого, упрямого, заносчивого человека. В народе прозвища такого типа давали не в обиду, а по заметной черте характера. Поэтому не исключено, что в каких-то случаях фамилия пошла не от крестильного имени, а напрямую от прозвища Гордюн — того, кто «держит нос по ветру» и не кланяется.

Фамилия довольно редкая. В дореволюционных источниках она фиксируется преимущественно в центральных губерниях — Тульской, Рязанской, Калужской. Встречается и в среде крестьянства, и в мещанских слоях, но никогда не была распространённой дворянской. В советское время численность носителей оставалась небольшой, и сегодня Гордюнины рассеяны по России без ярко выраженного регионального ядра.

Любопытная деталь: фамилия Гордюнин стоит в одном ряду с Гордеевым, Гординым, Гордюшиным. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и формами имени. Гордюнин — один из самых редких вариантов в этой группе, что делает его интересным для локальной ономастики. Если искать предков, стоит обращать внимание не только на фамилию, но и на отчества — в них могло сохраниться имя Гордей в полной форме.