Фамилия Гороховатский принадлежит к распространённому типу польских, украинских и белорусских фамилий, образованных от названий населённых пунктов с помощью суффикса -ский/-цкий. В основе лежит топоним, скорее всего, село или местечко с названием Гороховатое, Гороховатка или Гороховат. Такие названия встречаются в исторических областях Украины (например, Гороховатка на Харьковщине или в Житомирской области) и в южных регионах России. Корень «горох» указывает на то, что местность была известна посевами гороха или получила имя по фамилии владельца-первопоселенца, прозвище которого было связано с этой культурой.

Суффикс -ский в фамилиях этой модели обычно закреплялся за шляхтой, духовенством или зажиточными крестьянами, которые переселялись из одного места в другое и получали прозвание по прежнему месту жительства. В отличие от простых «гороховых» фамилий (Горохов, Гороховцев), окончание -ский указывает на более позднее оформление в дворянской или мещанской среде, особенно на территориях Речи Посполитой и Гетманщины, где такие фамилии стали массовыми после разделов Польши.

Версия о происхождении напрямую от прозвища «Гороховатый» (человек с рябым лицом, как горох, или шелудивый) менее вероятна для данной формы. Суффикс -оват- в фамилии Гороховатский — это часть топонимического прилагательного (Гороховатое), а не уменьшительно-прозвищный элемент. Если бы фамилия образовалась от прозвища, она скорее приняла бы вид Гороховатов или Гороховатцев.

География фамилии сегодня сосредоточена в Украине и в южных областях России, а также встречается у потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего записаны как мещане или казаки, реже — как крестьяне. Написание фамилии устойчиво: вариант с одной буквой «т» (Гороховаский) встречается редко и считается ошибкой или следствием упрощения при записи в XX веке.