Фамилия Горохводацкий образована от прозвища, в котором чётко слышны два корня: «горох» и «вода». Слово «гороховод» в старину означало не только того, кто разводит горох, но и человека, занятого размачиванием или вымачиванием гороха перед приготовлением — например, для каш или корма скота. Однако более правдоподобно, что прозвище Гороховодацкий (а затем и фамилия) указывало на выходца из села или деревни с названием вроде Горохово, Гороховка, стоявших на берегу водоёма. Суффикс «-ацк-» характерен для украинских и белорусских фамилий, образованных от названий мест по типу «кто из такого-то места»: Горохводацкий — «тот, кто с Гороховой воды», то есть с реки или пруда у села Горохово.

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из слов «горох» и «давать»: Горохводацкий мог быть прозвищем торговца семенами гороха. Однако против этой гипотезы говорит тот факт, что в русских говорах не зафиксировано устойчивого сочетания «горох давать» в значении «торговать горохом». Чаще встречались прозвища по продукту (Горохов, Горошник), а не по глаголу «давать». Поэтому версия с географическим происхождением выглядит убедительнее.

Выпадение гласного «о» в середине слова (Гороховодацкий → Горохводацкий) — обычное явление для разговорной речи и письменных источников XVIII–XIX веков, когда фамилии ещё не были строго закреплены. В документах того же рода можно встретить и Гороховодский, и Горохводский, и современный вариант Горохводацкий.

Фамилия редкая и встречается преимущественно на юге России и в восточных областях Украины, что подтверждает её связь с местными говорами и топонимами. По сословной принадлежности носители фамилии чаще всего были крестьянами или казаками — никаких данных о дворянском происхождении этой фамилии не обнаружено.