Фамилия Горожанкин отталкивается от слова «город» — в древности так называли поселение, обнесённое оградой (городом, то есть огородом). Прозвище Горожанин обычно давали человеку, который перебрался из города в деревню: для сельских жителей он так и оставался «городским». Однако филологи обращают внимание на редкий суффикс -к- в основе. Фамилия образована не напрямую от мужского прозвища, а от женского — Горожанка. Это указывает на то, что ребёнка записывали по матери, что случалось, если отец умер или пропал без вести. Такая модель встречается реже, чем стандартная патронимическая, и говорит о нестандартной семейной ситуации в роду.

Самый известный носитель фамилии — Иван Николаевич Горожанкин (1848–1904), профессор Московского университета и основатель сравнительно-эмбриологического направления в русской ботанике. Он создал научную школу морфологов растений, и его труды до сих пор цитируются в учебниках. Таким образом, фамилия Горожанкин, начавшись с прозвища «городского» человека или его вдовы, со временем закрепилась за потомками и дошла до нас в форме, характерной для центральных и северных регионов России.