Фамилия Горождина — женская форма от Горождин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Горожда. Основа здесь — «город», но не в современном значении мегаполиса, а в древнерусском: укреплённое поселение, крепость, кремль. Прозвище Горожда мог получить человек, который жил в городе (в отличие от сельских жителей), либо выходец из какого-то конкретного Городца или Городища. В говорах слово «горожа» иногда означало и огороженное место, выгон для скота на окраине села — так что возможна и более прозаичная бытовая подоплёка.

Словообразовательная модель необычна. Обычно фамилии от названий жителей города выглядят как Городской, Городничий, Горожанинов. Суффикс -д- в основе «Горож-д-а» — редкий. Он мог возникнуть из диалектного варианта «горожа» (ср. «бродяга» — «бродяжий») или из старого прилагательного «горожданый» (относящийся к городу). Фамилия Горождин/Горождина — пример того, как местная фонетика закрепила нестандартную форму, не прижившуюся в литературном языке.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим новгородским землям. В новгородских писцовых книгах XV–XVI веков встречаются «горожане» как особая категория посадских людей, и прозвище Горожда могло быть записано именно там. Позже фамилия расселилась по Уралу и Сибири вместе с переселенцами.

В некоторых случаях фамилию могли дать по названию деревни Горожда (такие пункты есть в Тверской и Псковской областях). Тогда Горождина — не от прозвища, а от топонима, по модели «выходец из Горожды».

Споров вокруг происхождения почти нет: все версии сходятся на корне «город». Единственный нюанс — не путать с фамилией Горожанина, у которой суффикс -анин указывает на принадлежность к общине, а не на индивидуальное прозвище. Горождина стоит ближе к прозвищному типу, более личному и конкретному.