Фамилия Горюничев — одно из тех русских родовых имен, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Главная версия, и самая прямая, отталкивается от мирского имени Горюня. В прошлом, до повсеместного распространения церковных календарей, родители нередко давали детям «обережные» имена — со смыслом, противоположным желаемому. Назвать сына Горюней, то есть «горемыкой», «бедолагой» (от слова «горюн»), значило попытаться обмануть злую судьбу: мол, худшее уже случилось, дальше будет только удача и здоровье. Такой сценарий типичен для древнерусской антропонимии.

Однако у прозвища Горюня есть и географическая подоплека. В старину горюнами называли жителей Путивльского уезда Курской губернии — это особое субэтнонимическое прозвище, закрепленное за населением целой местности. В этом случае фамилия указывала бы не на характер предка, а на место, откуда он родом или куда переселился. Какая из двух версий ближе к истине для конкретной семьи, без генеалогического исследования сказать сложно, но обе имеют право на существование.

Словообразовательная модель фамилии довольно редкая и многоступенчатая. Горюничев — это отчество третьего порядка, «внучество». Сначала было личное имя Горюня. От него образовалось отчество первой степени Горюнич (сын Горюни). А уже от него — фамилия Горюничев, то есть «сын Горюнича, внук Горюни». Такая цепочка (с суффиксом -ичев) характерна для фамилий, которые окончательно закрепились в среде служилых людей и крестьянства не позднее XVII–XVIII веков. Суффикс -ичев указывает на принадлежность к определенному роду по отцу, но через поколение, что делает фамилию более поздней по сравнению с простыми -ов и -ин.

Первые письменные упоминания родственных именований уходят в начало XVI века. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского зафиксирован княжеский межевщик Горюн Шемякин из Московского уезда (1524 год). Это доказывает, что основа фамилии бытовала в деловой переписке и быту уже более пятисот лет, причем среди людей, имевших отношение к земельным делам и администрации.