Фамилия Горюнова — женская форма фамилии Горюнов, а её основа — прозвище или мирское имя Горюн. В древнерусском языке «горюн» означало «горемыка», «тот, кто бедствует» или «человек с горькой судьбой». Однако называть так ребёнка могли не в насмешку, а с обратным смыслом: родители надеялись, что имя-оберег убережёт мальчика от настоящих несчастий. Такая практика была распространена у славян — считалось, что «плохое» имя отводит злых духов.

Но есть и другая, менее известная версия. Горюнами в старину называли жителей Путивльского уезда Курской губернии. Если предок происходил оттуда, прозвище могло указывать не на характер, а на место жительства — по сути, стать «географическим» маркером. В таком случае фамилия Горюнова родственна не глаголу «горевать», а названию локальной группы людей.

Самая ранняя фиксация имени Горюн в письменных источниках относится к началу XVI века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упомянут княжеский межевщик Горюн Шемякин из Московского уезда (1524 год). Это показывает, что уже тогда имя бытовало не только в простонародье, но и среди служилых людей.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность, то есть Горюнова — «дочь (или жена) Горюна». Такая фамилия закрепилась в русской антропонимии довольно рано, но точное время и место возникновения конкретной ветви Горюновых можно установить только через генеалогические разыскания.