Фамилия Горюничева — редкий пример отчества третьей степени, то есть «внучьего» именования. Она означает «дочь Горюнича», а Горюнич — это сын человека по имени или прозвищу Горюня. Такая цепочка — Горюня → Горюнич → Горюничев/Горюничева — встречается нечасто, чаще фамилии застывали на второй ступени (Горюнов, Горюнин). Поэтому в основе фамилии лежит личное имя Горюня, которое было мирским, нецерковным.

Значение имени Горюня прозрачно: оно родственно слову «горе» и нарицательному «горюн» — горемыка, бедствующий человек. Но здесь скрыт важный нюанс: в народной традиции такие «обережные» имена давали детям нарочно, чтобы отвести от них настоящее горе. Надеясь, что мальчик вырастет счастливым и здоровым, родители называли его Горюней — как бы «обманывая» злые силы. Срабатывала примета: имя-оберег работает наоборот.

Впрочем, у прозвища Горюня могла быть и географическая подоплёка. Горюнами в старину называли особую этнографическую группу населения, живущую в бассейне реки Сейм, на территории Путивльского уезда Курской губернии (ныне частично Сумская область Украины). Если предок происходил оттуда, его могли прозвать Горюней по месту жительства — и тогда фамилия превращается в указание на родовые корни.

Одно из древнейших упоминаний родственного имени встречается в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского: княжеский межевщик Горюн Шемякин из Московского уезда, 1524 год. Это показывает, что имя бытовало в среде служилых людей уже в начале XVI века.

Фамилия Горюничева образована по продуктивной модели с суффиксом -ичев-, который характерен для отчеств от основ на мягкий согласный (сравните: Кузьма — Кузьмичев, Фома — Фомичев). Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Горю́ничева.