Фамилия Горюничев — отчество третьей ступени, то есть по сути «внук Горюни». Сначала было личное имя Горюня, от него образовалось отчество Горюнич («сын Горюни»), а уже от него — фамилия Горюничев, то есть «сын Горюнича». Такая модель встречается реже, чем обычные фамилии на -ов и -ин, и указывает на более позднее закрепление фамилии, когда отчества уже передавались по наследству.

Корень здесь — мирское имя Горюня. В древнерусской традиции его давали не в обиду, а как оберег: считалось, что имя-оберег, означающее «горемыка», отведёт от ребёнка настоящие беды. Родители, называя сына Горюней, надеялись, что судьба обойдёт его стороной. Слово «горюн» в говорах означало «бедняга, тот, кто горюет», но было и более конкретное значение — так называли жителей Путивльского уезда Курской губернии. Поэтому не исключено, что прозвище Горюня могло указывать не на характер человека, а на его происхождение из этой местности.

Одно из первых упоминаний родственного имени встречается в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского: в 1524 году в Московском уезде действовал княжеский межевщик Горюн Шемякин. Это показывает, что имя бытовало в служилой среде уже в XVI веке. Фамилия Горюничев, скорее всего, оформилась позже, когда отчества на -ич перестали быть привилегией знати и стали передаваться в крестьянских и посадских родах.

Форма на -ев в окончании (Горюничев, а не Горюничов) указывает на твёрдую основу — Горюнич. В русской ономастике это стандартный переход: если основа отчества оканчивается на шипящий или мягкий согласный, фамилия получает суффикс -ев. Никакой редкой фонетики здесь нет, хотя сама трёхступенчатая модель встречается нечасто.

Точное место возникновения фамилии неизвестно — процесс формирования русских фамилий был долгим и неоднородным в разных регионах. Но сама фамилия Горюничев — живой пример того, как древнее охранительное имя, пройдя через два поколения отчеств, превратилось в устойчивый родовой знак.