Фамилия Горюнков образована от мирского имени или прозвища Горюнок. В основе лежит слово «горюн» — так в старину называли горемыку, человека, который бедствует или постоянно попадает в трудные обстоятельства. Однако называть так сына могли и с обратным, охранительным смыслом: родители надеялись, что имя-оберег отведет настоящие несчастья, и мальчик вырастет счастливым.

Суффикс -ок в имени Горюнок — уменьшительно-ласкательный, характерный для русских некалендарных имён. А вот фамильный суффикс -ов указывает на принадлежность: Горюнков буквально значит «сын Горюнка». Такая модель типична для русских фамилий, которые закрепились в XVI–XVII веках в среде крестьян и служилых людей.

Есть и другая версия происхождения прозвища. Горюнами в старину называли жителей Путивльского уезда Курской губернии. Это особая этнографическая группа, потомки которой переселялись в Сибирь. Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, прозвище Горюнок могло указывать не на характер, а на место рождения или прежнего жительства.

Ранние упоминания родственных именований встречаются в письменных источниках начала XVI века. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского записан княжеский межевщик Горюн Шемякин из Московского уезда (1524 год). Это говорит о том, что корень «горюн» бытовал в русской антропонимии уже несколько столетий назад.

Таким образом, фамилия Горюнков может хранить память либо о прозвище предка-горемыки, либо о его связи с определённым регионом — Курским краем. Обе версии имеют право на существование, и без дополнительных генеалогических изысканий выбрать одну из них сложно.