Фамилия Горюнковы — один из примеров того, как древнее прозвище или мирское имя закрепилось в родовом именовании. В её основе лежит слово «горюн», которое в старину означало «горемыка», «бедолага», «тот, кто бедствует». Однако называли так не из желания подчеркнуть несчастья: по народной традиции, давая ребёнку имя-оберег с отрицательным значением (Горюн, Некрас, Нелюб), родители надеялись обмануть злые силы и тем самым обеспечить ему счастливую и благополучную судьбу. Так мирское имя Горюнок, от которого и пошла фамилия, могло стать пожеланием обратного — чтобы мальчик рос в достатке и без горя.

Но у прозвища есть и другая, географическая, версия. В документах XVIII–XIX веков «горюнами» называли жителей Путивльского уезда Курской губернии. Если предок носителя фамилии происходил оттуда, прозвище Горюнок могло указывать не на характер, а на место его рождения или проживания. Таким образом, у фамилии Горюнков как минимум два равноправных объяснения: охранительное имя и региональное прозвище.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов (в форме Горюнков) указывает на принадлежность — «сын Горюнка». Первые письменные фиксации родственных имён встречаются в начале XVI века: в «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского упомянут княжеский межевщик Горюн Шемякин из Московского уезда (1524 год). Это говорит о том, что основа фамилии бытовала уже в допетровской Руси, хотя сама фамилия в её современном виде оформилась позже, когда процесс наследования прозвищ стал массовым.

Несмотря на то что точное время и место возникновения фамилии Горюнков установить сложно, она остаётся характерным образцом славянской ономастики — в ней слились народная традиция имён-оберегов, местная диалектная лексика и стандартная русская модель фамилии на -ов.