Фамилия Господарь — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище или имя, а социальный титул. Слово «господарь» в старорусском и западнорусском языках означало правителя, владыку, государя. В Молдавском и Валашском княжествах так называли местных князей, а на Руси слово бытовало в значении «хозяин», «владелец» или «повелитель». Прозвище Господарь могли дать человеку властному, богатому, либо тому, кто служил при дворе господаря или работал на него.

Суффикс в фамилии нулевой — она образована бессуффиксным способом, когда прозвище перешло в фамилию без изменений. Такая модель характерна для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где не добавляли окончания -ов или -ин. Это указывает на возможное происхождение носителей из западнорусских земель или с территорий, граничивших с Речью Посполитой. В великорусских говорах фамилию скорее переделали бы в Господарева или Господарёва.

В документах XVII века встречаются единичные упоминания казаков и мещан с прозвищем Господарь — например, в реестрах Войска Запорожского. Это говорит о том, что фамилия не была аристократической, а скорее отражала ироничное или уважительное прозвище простого человека. В отличие от похожих по звучанию фамилий Господинов или Господский, здесь нет суффикса принадлежности, что усиливает версию о прямом заимствовании титула.

Спорной версией можно считать связь с молдавским «господарь» как указание на этническое происхождение предка, но это маловероятно: фамилия встречается в основном у русских и украинцев, а не у румын. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо зажиточным крестьянином, которого в шутку величали «господарем», либо управляющим имением.

Сегодня фамилия крайне редкая. Её носители живут в основном на юге России и в восточной Украине, что подтверждает связь с казачьей средой. Встречаемость фамилии в современных справочниках исчисляется единицами, что делает её уникальным маркером для генеалогического поиска.