Фамилия Господаров (и её женская форма Господарова) образована от прозвища или мирского имени Господарь. В древнерусском языке словом «господарь» называли господина, хозяина, владельца, повелителя — это прямое указание на социальный статус или характер человека. Скорее всего, фамилию получил не сам владелец, а его слуга или крепостной крестьянин, живший в имении человека по прозвищу Господарь. Такая модель — называть людей по имени или прозвищу хозяина — была распространена в среде крепостных и дворовых. Впрочем, прозвище Господарь могли дать и за гордый, властный нрав, независимо от реального положения в обществе.

Морфологически фамилия строится по стандартной патронимической модели: к основе «Господарь» добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Господаря). Ударение, судя по распространённому произношению, падает на третий слог: Господа́ров. Интересно, что фамилия могла фиксироваться и в варианте Господарёв — с беглым гласным, но форма на -ов встречается чаще.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, что связано с историческим бытованием слова «господарь»: в Молдавском княжестве и Валахии так называли правителей, а в западнорусских землях — крупных землевладельцев. Однако для русских крестьянских фамилий это скорее прозвище, чем указание на княжеский титул.

В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -ов от прозвищ, обозначающих статус, описываются как типичные для XVI–XVII веков. Прямых указаний на сословную принадлежность первых носителей нет, но логика словообразования подсказывает: Господаровыми становились не сами господа, а их люди.