Фамилия Господарец — редкий случай, когда корень прозрачен, а суффикс ставит в тупик. Она образована от слова «господарь», которое в древнерусском и западнорусском языке означало не просто господина, а владетельного правителя, государя. В Молдавском княжестве и Валахии «господарь» — официальный титул князя, в Речи Посполитой так называли крупных землевладельцев, почти независимых от центральной власти. На русском Севере слово могло относиться к хозяину вотчины.

Но суффикс -ец здесь необычен. В русских фамилиях он чаще встречается в форме -овец (Кузнецовец) или в топонимических прозвищах (Тамбовец, Ростовец). Господарец — не «сын господаря» (для этого был бы патроним Господаревич) и не «принадлежащий господарю» (Господарев). Скорее всего, это прозвище, закрепившееся за человеком, который служил при дворе господаря, был его приближенным или управляющим. В белорусских и украинских землях, где титул «господарь» был в ходу до XVIII века, так могли назвать ключника, тиуна или доверенного боярина.

Версия о происхождении от мирского имени Господарь (как Боярин, Князь) менее вероятна: такие имена давали в охранительных целях, но суффикс -ец для них нехарактерен. Учитывая географию — фамилия встречается в основном в западных областях Украины, в Беларуси и среди потомков переселенцев на Кубани, — наиболее правдоподобно, что предки Господарец были людьми из окружения магната, носившего титул господаря, или выходцами из села с названием Господарцы (такие топонимы есть на Волыни). Фамилия не дворянская: в старых реестрах казаков и мещан Господарцы фигурируют как «посполитые», то есть свободные, но не шляхтичи.