Фамилия Господарцев образована по редкой для русских фамилий модели: от основы «господар» и суффикса -ев. В этой форме она указывает на принадлежность к человеку по прозвищу или имени Господарь.

В основе фамилии лежит слово «господарь». В древнерусском языке так называли владыку, господина, владельца. Но у этого слова было и второе, более конкретное значение: так именовали правителей Молдавского и Валашского княжеств в XV–XIX веках. Поэтому фамилия Господарцев могла возникнуть в среде, соприкасавшейся с южными и западными славянами, либо на территориях, где были сильны польские или украинские влияния. В польском и украинском языках слово «господар» означало не только господина, но и хозяина, управляющего хозяйством.

Вероятнее всего, прозвище Господарь дали не реальному князю, а человеку с властным характером, зажиточному хозяину или тому, кто служил управляющим у крупного землевладельца. В русской среде фамилия на -цев (а не на -ов) встречается реже и может указывать на прозвище, образованное от названия места жительства — например, выходца из местности, где правил господарь.

Фамилия Господарцев почти не встречается в центральных русских губерниях; её очаги — южнорусские и украинские земли, а также области, куда переселялись выходцы из Речи Посполитой. Это не массовая, а довольно редкая фамилия, что подтверждает её локальное происхождение.

С точки зрения словообразования интересно, что в фамилии сохранился полный корень «господар», а не усечённый «господ», как в фамилиях Господинов или Господский. Это говорит о том, что прозвище было дано в среде, где слово «господарь» было в живом обиходе.