Фамилия Граченков — яркий пример того, как прозвище или мирское имя, данное по птице, закрепилось в роду и со временем обрасло типичными русскими суффиксами. Её основа — слово «грач», птица семейства вороновых с блестящим чёрным оперением. В древнерусской традиции имя Грач давали младенцам не случайно: считалось, что, называя ребёнка в честь животного или птицы, родители «вводят» его в природу, и к нему переходят качества этого существа. В случае с грачом это могли быть сообразительность, крикливость или заметность.

Есть и более прозаичная версия: прозвище Грач человек получал за внешнее сходство с птицей — скорее всего, за чёрные как смоль волосы. Такие прозвища были распространены на Руси и нередко становились основой для фамилий, минуя стадию мирского имени. В пользу этой гипотезы говорят ранние документальные свидетельства. Ономаст С. Б. Веселовский в своих работах упоминает родственные именования: Грачев Иван, крестьянин (1627 год), и Грачко Трофим, крестьянин (1492 год, Переяславль). Форма Грачко — типичный пример древнего прозвища с уменьшительным суффиксом, которое могло дать жизнь фамилиям на -ков (Грачков) или -енков.

Ключевая особенность фамилии Граченков — её суффикс. Модель на -енков характерна для украинской и белорусской традиции (где -енко означает «сын» или «потомок»), но с последующей русификацией: при переселении в центральные русские земли к основе Граченко добавили типичный русский суффикс -ов. Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Грача» (или «сын Грача»), причём двойной патроним — сначала украинский, потом русский — указывает на миграцию предков. Сейчас носители фамилии встречаются в основном в центральных и южных областях России, что подтверждает версию о постепенном движении рода с Украины или южнорусских земель на север.