Фамилия Граничин образована от прозвища или нецерковного имени Гранича. Основа «гранич-» восходит к слову «граница» — рубеж, межа, край. В говорах «гранича» могли называть человека, жившего на границе владений, на окраине села или у межевой полосы. Реже — того, кто занимался размежеванием земель, то есть землемера или судебного пристава по межам. Фамилии с суффиксом -ин традиционно образовывались от основ на -а, -я и указывали на принадлежность: «чей сын?» — Граничин, то есть сын или потомок Граничи.

Интересная особенность — редкий суффикс -ич- в середине слова. В русских фамилиях суффикс -ич обычно маркер отчества (Иванович, Петрович), но здесь он входит в основу прозвища. Это сближает Граничина с фамилиями вроде Граничев, где суффикс -ев присоединялся к основе Гранич. Разница в том, что Граничев — от прозвища Гранич (с основой на мягкий согласный), а Граничин — от Гранича. Обе фамилии редкие, встречаются в основном в северных и центральных областях России, особенно в бывших новгородских и вятских землях, где межевание и разграничение угодий имело большое хозяйственное значение.

По социальному происхождению носители фамилии могли быть как крестьянами (живущими на краю общинных земель), так и людьми служилыми — писцами, межевщиками, земскими чиновниками, следившими за границами владений. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, например, в переписных книгах Вятского уезда. Второй, менее вероятный вариант — происхождение от географического названия Граничи (такие деревни есть в Псковской и Тверской областях), но первичным в любом случае остается прозвище по месту жительства или роду занятий.