Фамилия Гранин чаще всего ведет происхождение от имени Граня — уменьшительной формы крестильного имени Евграф. Евграф в переводе с греческого означает «хорошо пишущий» или «красивописец». Такие сокращения были в ходу в повседневном общении: полное имя звучало слишком официально, а дома или среди своих человека звали попроще — Граня. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Грани» или «из семьи Грани».

Менее распространенная версия связывает фамилию с названием села Гранов, расположенного недалеко от Умани на Украине. Выходец оттуда мог получить прозвище Граня, которое затем закрепилось как фамилия. В пользу этой гипотезы говорит то, что прозвища по месту жительства давали часто, но в данном случае она уступает первой по правдоподобию: имя Граня встречалось шире, чем топоним.

Существует и версия о связи с латинским granum — «зерно». Однако она выглядит натянутой: маловероятно, чтобы в русской среде прозвище образовали напрямую от латинского слова, минуя живую языковую практику. Такие заимствования скорее свойственны книжной, а не бытовой традиции.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для восточнославянских фамилий XVI–XVII веков. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я: Граня → Гранин. Это одна из самых распространенных моделей, наряду с -ов/-ев, и указывает на древность фамилии.

Редкая деталь: фамилия Гранин встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что может косвенно подтверждать ее происхождение от имени, а не от украинского топонима. Если бы основой было село Гранов, логичнее было бы ожидать концентрацию фамилии на юго-западе.

Таким образом, в основе фамилии Гранин — личное имя Граня, сокращение от Евграфа. Потомок человека по имени Граня со временем получил фамилию, которая и закрепилась в роду.