Фамилия Гречанин происходит от прозвища Гречаня. Словообразовательная модель здесь нестандартная: суффикс -анин (-янин) обычно указывает на принадлежность к местности или народу (римлянин, египтянин), но в русских фамилиях он встречается редко. В основе лежит прозвище Гречаня — так могли назвать человека, связанного с гречкой: либо того, кто её выращивал, торговал ею, либо любителя гречневой каши. Корень «греч-» в русских говорах имел и переносное значение — «чёрный, смуглый», что тоже могло стать поводом для прозвища.

Есть и другая версия: Гречаней могли прозвать выходца из Греции. В старину греков на Руси нередко называли «гречанами» или «гречинами», и это слово со временем превратилось в личное прозвище. Однако в пользу «гречневой» гипотезы говорит то, что фамилия бытует преимущественно в центральных и южных губерниях России, где гречку сеяли повсеместно, а греческие диаспоры были редки.

Суффикс -ин в окончании фамилии (Гречанин — от Гречаня) типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Такая модель встречается, например, в фамилиях Пуганин, Рыжанин. Со временем прозвище Гречаня закрепилось как основное именование, а его потомки стали писаться Гречаниными.

Фамилия не относится к числу дворянских или старинных боярских — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей. Встречается в документах XVIII–XIX веков, но массового распространения не получила. Среди однокоренных фамилий — Гречаников, Гречихин, Гречушкин, но Гречанин стоит особняком из-за редкого суффикса, который сразу выдаёт прозвищное происхождение.