Фамилия Гришакова образована от имени Гришак — одной из разговорных форм крестильного имени Григорий. В переводе с греческого Григорий означает «бодрствующий». Это имя было одним из самых распространённых на Руси, поэтому неудивительно, что оно дало жизнь целому кусту фамилий: Григорьев, Григорьевский, Гришаев, Гришин и, конечно, Гришаков.

Суффикс -ак придаёт имени Гришак характерный оттенок: в русской народной традиции такие формы часто возникали в бытовой, неофициальной среде. Сравните: Иван — Иванак, Пётр — Петрак. Поэтому основатель рода Гришаковых, скорее всего, был выходцем из рабочей или крестьянской среды — именно в простонародье усечённые имена с суффиксом -ак бытовали особенно широко. Притяжательный суффикс -ов в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Гришаков, то есть сын, потомок Гришака.

Встречается фамилия в основном в центральных и южных регионах России, но её носители живут по всей стране. Редкий вариант написания с ударением на второй слог (Гришакóва) иногда путают с фамилией Гриша́кова, образованной от имени Гриша, что меняет словообразовательную модель, но не меняет общего корня.