Фамилия Груняхин — редкий пример, когда в основе фамилии лежит не мужское, а женское имя. Она образована от имени Груняха, которое в русской деревне было просторечной, ласковой формой крестильного имени Агриппина (в славянской народной традиции — Аграфена). Само имя Агриппина восходит к римскому родовому имени Агриппа, которое переводят как «горестная»; одной из небесных покровительниц этого имени считается мученица Агриппина, день памяти — 6 июля (23 июня по старому стилю).

Модель образования здесь нестандартная. Если бы фамилия произошла от мужского имени Груняха, она звучала бы как Груняхов (по типу Иванов, Петров). Суффикс -ин указывает на принадлежность «сыну (или потомку) той, кого звали Груняха». То есть буквально Груняхин — это «сын Груняхи». Такое построение возможно, если в семье главой или ключевой фигурой была женщина (например, вдова или мать, чьё имя закрепилось за детьми как родовое прозвище), либо если имя Груняха в быту давали мужчине (редкое, но не исключённое явление в северных и сибирских говорах, где женскими именами могли в шутку прозвать мальчика).

В любом случае, корень фамилии — народная форма Аграфены. В говорах имя Аграфена превращалось в Груню, Груняху, Грунятку, отсюда же пошли фамилии Грунин, Грунёв, Груняткин. Груняхин стоит особняком: суффикс -ах- с ударением на второй слог (ГрунЯхин) встречается реже, чем -ин или -ов, и выдает диалектную или региональную основу. Скорее всего, фамилия закрепилась в центральных или южнорусских областях, где были распространены уменьшительные формы на -яха (Груняха, Малаха, Дуняха).

О сословной принадлежности первых носителей сказать определённо трудно: фамилия недворянская, её носители в XIX веке числились в основном крестьянами и мещанами. Поскольку фамилия редкая, её география ограничена: основная масса Груняхиных встречается в Поволжье и на юге России, с отдельными точками в Сибири (возможно, переселенцы времён Столыпинской реформы).