Фамилия Грушунов образована по той же продуктивной модели, что и множество других славянских фамилий: от личного прозвища или имени, к которому добавили суффикс принадлежности. Если разобрать слово по составу, в основе лежит корень «груш-», а суффикс «-ун» указывает на лицо, склонное к какому-либо действию или обладающее характерным признаком. То есть Грушун — это человек, которого за что-то прозвали «грушей» или «грушой». Такие прозвища на Руси давали по внешности (круглый, мягкий, похожий на плод), по характеру (уступчивый, «мягкий»), а иногда и по роду занятий — например, торговцу грушами или садоводу, выращивавшему эти деревья. Суффикс «-ов» в конце фамилии — стандартный патронимический элемент, означающий «сын Грушуна» или «из рода Грушуна».

Эта словообразовательная модель — прозвище на «-ун» плюс «-ов» — широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян. Сравните: Говорун, Скакун, Болтун — все они дали фамилии Говорунов, Скакунов, Болтунов. Грушунов стоит в том же ряду, но с более редкой и конкретной основой. В отличие от распространённых «растительных» фамилий (Грушевский, Грушин), где корень прямо указывает на плод, вариант с суффиксом «-ун» подчёркивает не просто связь с грушей, а именно прозвищную, личностную характеристику предка.

Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где груши традиционно выращивали в садах, а также в областях с сильным влиянием украинской и белорусской антропонимии — там суффикс «-ун» особенно характерен. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, но её корни уходят глубже: прозвище Грушун могло появиться ещё в допетровскую эпоху, когда крестьянам и посадским людям давали «уличные» имена по внешним или бытовым приметам. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у Грушуновых нет — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, которая возникла в среде, где прозвище заменяло официальное имя.