Фамилия Грызункина — редкий пример, где прозвищная основа угадывается сразу, но при этом не лежит на поверхности. Вопреки первому впечатлению, предок вряд ли имел привычку грызть ногти или семечки. Скорее всего, прозвище Грызун дали человеку с неспокойным, «грызущим» характером — тому, кто постоянно был чем-то недоволен, ворчал, «грыз» окружающих придирками. На русском Севере, например, слово «грыза» означало сварливого, бранчливого человека. Вторая, более прозаичная версия — прозвище могло относиться к ремеслу: так могли называть жестянщика или лудильщика, который «грыз» металл инструментом, либо портного, скрипящего зубами от натуги при работе с толстой кожей.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Грызункина — «дочь (или жена) Грызунка». Сама основа Грызун(ок) — это форма с уменьшительным суффиксам -ок, который в русских прозвищах не столько уменьшал, сколько смягчал характеристику. В отличие от прямого Грызун, прозвище Грызунок могло относиться к подростку или невысокому мужчине с тем же ершистым нравом, но в более безобидном, почти ласковом ключе. В говорах слово «грызунок» иногда применяли к зайчонку или щенку — существу, которое всё пробует на зуб.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне с прозвищем Грызун в Вологодской и Архангельской губерниях — именно там, где диалектное слово «грыза» было в ходу. В XIX веке фамилия Грызункины фиксируется в Тверской и Ярославской губерниях, причём почти исключительно в крестьянской среде. Это значит, что предки носителя фамилии были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, а фамилию получили уже при переписях от уличного прозвища, а не по наследству от боярского рода.

Интересно, что однокоренные фамилии — Грызунов, Грызлов, Грызков — гораздо распространённее. Грызункина выделяется редким суффиксальным оформлением: -к-ин встречается в фамилиях от прозвищ на -ок (Козлов — Козлов, но Козлёнок — Козлёнкин). Такая модель чаще использовалась для неофициальных, «домашних» фамилий, которые позже закреплялись документально. Поэтому Грызункина — не случайный вариант, а свидетельство того, что в основе лежало именно прозвище Грызунок, а не Грызун.