Фамилия Гугин образована от прозвища Гуга. В основе, скорее всего, лежит древнерусское слово «гугнивый» — так называли человека, который говорит невнятно, «в нос», то есть гнусаво. Прозвище Гуга могли дать тому, кто картавил, шепелявил или имел дефект речи, связанный с носовым произношением. Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе Гуг- добавлен патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — «сын Гуги»).

Встречается и альтернативная версия — от диалектного глагола «гугаться», то есть «кататься на качелях». Однако она менее убедительна: прозвища по действию обычно образуются от глагольных форм (например, Качалкин), а «Гуга» — скорее характеристика человека, чем его занятие. Кроме того, семантика «качелей» не получила широкого распространения в русском ономастиконе, в отличие от корня «гугн-» со значением невнятной речи.

Фамилия редкая, её географическое ядро, вероятно, связано с северными или центральными регионами России, где диалектное слово «гугнивый» было особенно употребительно. Встречаются однокоренные фамилии: Гугняев, Гугнин — они закрепляют ту же самую основу, но с разными суффиксами. Сравнение с ними показывает, что прозвище Гуга могло быть сокращённой формой от более полного Гугняй. Родовое прозвание Гугин закрепилось за потомками человека, который когда-то выделялся особенностью произношения — и никакой другой, более поздней, социальной или профессиональной нагрузки эта фамилия не несёт.