Фамилия Гугины — одна из тех, что сразу отсылает к прозвищу, а не к крестильному имени. Её основа — прозвище Гуга. Самая прямая версия происхождения лежит на поверхности: на Руси «гугнивым» называли человека, который говорил невнятно, «в нос», то есть гнусаво. Это был не диагноз, а бытовая характеристика — заметная особенность речи, за которую и могли закрепить прозвище.

Менее правдоподобная, но всё же встречающаяся в словарях версия связывает Гугу с диалектным глаголом «гугаться» — «кататься на качелях». Слово редкое, локальное, и вряд ли оно стало бы основой для массового прозвища. Поэтому первая гипотеза — от гугнивости — выглядит убедительнее: такие прозвища давались по конкретному, легко узнаваемому признаку.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Гуг- добавили суффикс принадлежности -ин, который указывает на «сына» или «потомка» человека по прозвищу. То есть Гугин — буквально «сын Гуги». Форма на -ин типична для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я, и широко распространена в северных и центральных областях России.

Точное время и место появления фамилии Гугины установить невозможно — письменные источники по таким бытовым прозвищам скудны. Однако можно предположить, что фамилия возникла не позднее XVII века, когда у русских крестьян и посадских людей начали массово закрепляться наследственные фамилии. Скорее всего, предки Гугиных были из среды крестьян или ремесленников: прозвища по физическим особенностям — характерная черта именно простонародной ономастики.