Фамилия Гукины образована от прозвища Гука. В его основе — глагол «гукать», который в разных говорах имел несколько значений: издавать отрывистый звук, звать, аукать, а в некоторых южных диалектах — даже «говорить» или «ударять». В тех же южных диалектах «гукой» называли музыканта, играющего на гуке — старинном струнном инструменте, разновидности гуслей.

Таким образом, прозвище Гука могло указывать на род занятий предка (народный музыкант), на его манеру говорить (отрывисто, громко) или на особенности характера. Фамилия закрепилась по стандартной для русского языка модели: к основе прозвища добавили суффикс принадлежности -ин, который отвечал на вопрос «чей?» (чей сын? — Гукин). Это один из самых распространённых типов русских фамилий, наряду с фамилиями на -ов/-ев.

Интересно, что фамилия Гукины не имеет отношения к фамилии Гуковы (от прозвища Гук, «жук» на польский манер) и к фамилии Гущины (от слова «гуща»). Разные корни — разная история. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий в разных слоях населения шёл с XV по XIX век, и Гукины могли появиться независимо в нескольких регионах.