Фамилия Гугина — женская форма фамилии Гугин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на -а, -я через суффикс -ин. Такие фамилии в старину буквально означали «чей?» — «Гугин сын», «Гугина дочь». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Гуга.

Корень гу- в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «гугать» — звать, кричать, аукать. Прозвище Гуга могли дать крикливому, голосистому человеку или тому, кто работал в лесу и часто перекликался с товарищами. В некоторых областях «гуга» — это также утка-гоголь, так что прозвище могло быть связано с внешностью или повадками. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем, где «гуг» означало «синий» или «небесный», — тогда прозвище могло относиться к человеку со светлыми глазами или одетому в синее.

Фамилия Гугин фиксируется в основном в центральных и северных регионах России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — прозвище Гуга было распространено в определённых говорах, а не по всей стране. В письменных источниках XVII века, например в переписных книгах, можно найти упоминания крестьян с таким прозвищем, но массового распространения фамилия не получила.

Сословно Гугины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах нет, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от имён святых или владельческих вотчин. Сейчас носительницы фамилии Гугина живут в основном в России, а также в странах бывшего СССР, куда фамилия попала с миграцией.

Если выбирать между версиями происхождения, самая правдоподобная — от глагола «гугать»: прозвище Гуга давали человеку с громким голосом, что было заметной чертой в деревенском быту.