Фамилия Гугукина — женская форма фамилии Гугукин, и её происхождение стоит искать не в одном корне, а, скорее всего, в прозвище. Самая вероятная версия связывает основу с глаголом «гугукать» (или «гугукать»), который в русских говорах означал «ворковать, издавать нежные звуки», а также «баюкать, укачивать ребёнка». Прозвище Гугука могли дать человеку с мягким, тихим голосом, либо тому, кто часто пел колыбельные или нянчился с детьми. В некоторых областях слово «гугука» могло относиться к глуховатому или неразборчиво говорящему человеку — то есть к тому, кто «гугукает», а не говорит чётко.

Модель образования фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Гугукин — это «сын Гугуки» или «человек из рода Гугуки». Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я, и встречается реже, чем -ов, что делает эту фамилию менее распространённой.

Географически фамилия Гугукина встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, а также на Украине. Это указывает на южнорусское или украинское происхождение прозвища, где «гугукать» было более употребительным словом.

Стоит отметить, что в фамилии нет связи с именем Гуго или с каким-либо иностранным корнем — это чисто русское (или украинское) звукоподражательное прозвище, образованное от бытового глагола. В дореволюционных переписях носители фамилии Гугукины числились преимущественно среди крестьян и мещан, что подтверждает её простонародное происхождение.