Фамилия Гугукин — один из тех редких случаев, когда корень слова не лежит на поверхности. Самая вероятная версия связывает её с тюркским или кавказским прозвищем. В тюркских языках «гугу» или «кюкю» означает «кукушка», а в некоторых диалектах — «глухой», «глуховатый». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гугукин — «сын того, кого звали Гугука» или «из рода Гугуки». То есть основа фамилии — личное прозвище Гугука, которое могли дать человеку за сходство с этой птицей (например, за привычку повторять одно и то же) или за глуховатый голос.

Менее распространённая, но возможная версия — от глагола «гугукать» (подражать голосу кукушки, издавать неясные звуки). В этом случае прозвище Гугука закреплялось за тем, кто любил «гугукать», то есть напевать или бормотать себе под нос. Оба варианта сходятся к одному значению: прозвище было звукоподражательным, а фамилия образовалась стандартным русским способом — через суффикс -ин.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род дал начало всем Гугукиным. В дореволюционных переписях её почти нет, что указывает на позднее оформление — возможно, фамилию зафиксировали только в советское время, когда крестьяне получали паспорта и записывали прозвища как официальные фамилии.

Если сравнивать с однокоренными, то напрашивается параллель с Гугуевым или Гугунашвили — у них та же основа, но разные суффиксы, что подчёркивает региональные различия. Гугукин же — чисто русская модель на -ин, характерная для центральных и южных областей. Дворянских корней у неё нет: это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от уличного прозвища.