Фамилия Гундарина — женская форма от Гундарин, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Гундарь. В основе этого прозвища лежит нарицательное «гундор». Слово это неоднозначное: в одних русских говорах «гундор» означал «болтун, говорун», в других — «толстыш, неуклюжий человек». Прозвище могли дать как словоохотливому человеку, так и тому, кто выделялся грузной, неповоротливой фигурой.

Модель образования простая: суффикс -арь (Гунд-арь) указывал на деятеля или носителя признака, а затем к основе Гундар- добавился патронимический суффикс -ин, типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». Гундарин — буквально «сын Гундаря».

Фамилия не нова. Историк С. Б. Веселовский в своих ономастических записях приводит ранние упоминания: Гундор Васильевич Тетерин (1530 год, Ростов), Федор Федорович Гундарин (1531 год, Галич), Гундорев Михайлович Братцев (1545 год, Новгород). Отдельно упомянуты князья Гундарины — вероятно, ветвь, получившая фамилию по прозвищу родоначальника и успевшая закрепиться в служилой среде. Разброс географии (Ростов, Галич, Новгород) говорит о том, что прозвище Гундарь было распространено в разных северных и центральных землях Руси уже в XVI веке.

Стоит заметить, что в некоторых источниках «гундор» связывают с тюркским корнем, но для этой фамилии более убедительна славянская версия — слово бытовало в народных говорах и давало целое гнездо однокоренных фамилий: Гундоров, Гундарев, Гундорев. Все они образованы от одной основы, но разными суффиксами, и все фиксируются в документах XVI–XVII веков.