Фамилия Ильганаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного славянского корня, и её разбор требует обращения к тюркским языкам, прежде всего к башкирскому и татарскому. Основа фамилии — личное мужское имя Ильганай (или Ильгенай), которое состоит из двух частей: «ил» (в тюркских языках — «страна», «народ», «родина») и «ганай» (уменьшительно-ласкательный аффикс, характерный для башкирской антропонимии). Таким образом, имя Ильганай можно перевести как «родной народу» или «дитя страны» — типичное для кочевых культур пожелание, чтобы человек был принят и любим своим племенем.

Суффикс «-ев» в фамилии — чисто русский патронимический показатель, который добавили при оформлении документов. В тюркской среде фамилий в современном понимании не было, их давали при переписях и после крещения. Ильганаев означает «сын Ильганая». Модель образования проста: к основе на «-ай» (Ильганай) присоединили русское окончание родительного падежа, как это делали с сотнями башкирских и татарских имён: Юлдаш → Юлдашев, Ахмад → Ахмадеев, Ильганай → Ильганаев.

Географически фамилия привязана к южному Уралу и Приуралью. По данным современных справочников и телефонных баз, большинство носителей живут в Башкортостане, особенно в зауральских районах, и в соседней Челябинской области. Встречается она и в Оренбуржье, но реже. Это указывает на то, что предки Ильганаевых были башкирами-вотчинниками или тептярами — сословием, которое в XVIII–XIX веках активно осваивало земли на стыке Башкирии и современной Челябинской области.

Спорных версий у фамилии практически нет. Тюркская основа очевидна, а попытки вывести её из арабского «ильм» (знание) или монгольского «илгэн» (открытый) — натяжки, которые не подтверждаются реальной ономастической практикой. В словаре башкирских имён Т. Кусимовой имя Ильганай фиксируется именно в значении «народный», «связанный с родиной». Фамилия не дворянская и не купеческая — скорее всего, её носили рядовые общинники, которые в XIX веке получили фамилию по имени отца. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, но для семейной истории это не минус: Ильганаевы — яркий пример того, как тюркское имя обросло русским суффиксом и стало частью многонационального ономастикона России.