Фамилия Ильганаева — редкая и звучная, и её происхождение почти наверняка ведёт в тюркскую языковую среду. Основа здесь — мужское имя Ильганай (Ильгана), которое состоит из двух частей: «иль» (страна, родина, народ) и «ган» (кровь, родня) либо «гана» (только, единственный). Смысл имени мог быть «родной для народа» или «единственный в роду». Такие составные имена характерны для башкирской, татарской и казахской антропонимии, где ценились понятия родины и кровного родства.

Суффикс «-ева» указывает на русскую модель образования фамилии по патрониму: Ильганаева — дочь или жена человека по имени Ильганай. Форма на «-ева» (а не «-ина») закрепилась, потому что основа оканчивается на согласный звук «й». В русской традиции так оформляли фамилии для тюркских переселенцев и крещёных народов Поволжья и Приуралья.

Наиболее вероятный ареал фамилии — Башкортостан и Татарстан, реже — Оренбургская и Челябинская области. Встречаемость очень низкая: носителей единицы, что типично для фамилий, образованных от редких личных имён. По сословной принадлежности предки могли быть как тептярями или башкирами-вотчинниками, так и государственными крестьянами — точных данных нет, но тюркский корень и регион указывают именно на этот социальный фон.

В ономастических словарях фамилия не фиксируется, что делает её особенно ценной для семейной истории: каждый случай — это самостоятельный след миграции или сохранения старого имени. Если сопоставить её с однокоренными (Ильганов, Ильганаев), становится ясно, что все они восходят к одному корню, но различаются по суффиксам, которые в русском языке адаптировали имя под патронимическую модель.